Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамасининг «Ўзбекистон Республикасида қишлоқ хўжалиги корхоналарини таркибий қайта тузиш» лойиҳасини амалга ошириш чора-тадбирлари тўғрисида»ги 1998 йил 19 августдаги 356-сонли қарорига мувофиқ Ўзбекистон Республикаси Қишлоқ ва сув хўжалиги вазирлиги ҳузурида Қишлоқ хўжалиги корхоналарини таркибий қайта тузиш Агентлиги ташкил этилган.

Агентликнинг асосий вазифалари этиб қуйидагилар белгиланган:

• Жаҳон банки иштирокидаги «Ўзбекистон Республикаси қишлоқ хўжалиги корхоналарини таркибий қайта тузиш» лойиҳаси (лойиҳа номи эски таҳрирда) бўйича чора-тадбирлар ишлаб чиқиш ва самарали амалга ошириш;
• Лойиҳа доирасида тегишли вазирлик ва идоралар ҳамда халқаро молия ташкилотларининг фаолиятларини мувофиқлаштириш;
• Қишлоқ хўжалиги соҳасида амалга оширилаётган инвестиция лойиҳаларида иштирок этаётган Халқаро ва чет эл молия ташкилотлари билан ўзаро алоқани таъминлаш;
• Инвестиция лойиҳалари шартларига мувофиқ қишлоқ жойларда ўрта ва кичик бизнесни ривожлантириш, шунингдек қишлоқ хўжалиги инфратузилмаси комплексини яхшилашга ажратилган маблағларнинг ўзлаштирилишини мувофиқлаштириш;
• Ўзбекистон Республикаси қишлоқ ва сув хўжалигида иқтисодий ислоҳотларни янада чуқурлаштириш мақсадида халқаро молия ташкилотлари фаолитини мувофиқлаштириш ва янги лойиҳа дастурларини ишлаб чиқиш.

Қишлоқ хўжалиги корхоналарини таркибий қайта тузиш агентлигига инвестиция лойиҳаларини самарали амалга ошириш, Халқаро молия ташкилотлари қоидаларига мувофиқ ажратилган маблағларни ўзлаштириш ва мақсадли ишлатилишини, шунингдек лойиҳани амалга оширишга доир зарур ҳужжатларни ўз муддатида ишлаб чиқиш ва тегишли идораларга киритиш мажбурияти юклатилган.